Důležité je, zda a jaké informační systémy si Státní nemocnice určí jako Informační systém veřejné správy. Celý mechanismus ISVS je primárně určen pro informační systémy úřadů a ani jednotlivé požadavky na ISVS nejsou vlastně na systémy v nemocnici aplikovatelné. Proto je velice obtížné hledat rovnováhu mezi legislativou elektronizace zdravotnictví a legislativou k ISVS.
Správa systému v režimu ISVS s sebou přináší řadu detailních povinností a to zejména Konkrétní obecné procesy OVS dlouhodobého řízení. Vzhledem k pojetí fungování a řízení ICT v nemocnicích se toto jeví jako takřka nesplnitelné pro některé vnitřní systémy v nemocnici, narozdíl od systémů určených klientů (v tomto případě pacientům), kde je to naopak žádoucí.
Má-li Veřejnoprávní nemocnice nebo Státní nemocnice vlastní portál určený pacientům, pak tento portál přímo poskytuje služby klientovi a kupříkladu se u něj vzhledem k citlivosti údajů vyžaduje ověření identity pacienta a přístup se zaručenou elektronickou identitou. Z tohoto důvodu je takový portál informačním systémem veřejné správy se vším všudy. Ale pozor, rozhodně není agendovým informačním systémem ve smyslu zákona o základních registrech. Je spíše informačním systémem soukromoprávního uživatele údajů a využívá především (či pouze) služby elektronické identifikace přes NIA.
Portál poskytuje služby přímo klientům tedy v tomto případě pacientům. Jeho správce je veřejným subjektem a tedy musí třeba zajistit elektronickou identifikaci výhradně v kvalifikovaném systému přes NIA podle zákona o elektronické identifikaci. Také nevyžaduje elektronický podpis od pacienta, protože využije fikce podpisu podle zákona o informačních systémech veřejné správy a to tak, že po přihlášení přes NIA je cokoliv činěné pacientem v rámci portálu přímo důvěryhodné. Portál sám se pak integruje především na systémy dané nemocnice (vnitřní integrace) a také na některé systémy EG, jako je právě NIA a nebo nepřímou integrací na centrální služby elektronického zdravotnictví (federace portálových řešení pro pacienta přes národní pacientský portál, jež je součástí Portálu EZ).
Zatímco u pacientského portálu je jasné, že se u orgánů veřejné správy o ISVS nepochybně jedná, protože přímo poskytuje služby klientům, u informačního systému poskytovatele zdravotních služeb (nemocničního informačního systému) podle zákona 372/2011 a zákona 325/2021 je použití definice účelu ISVS složitější. Ve většině případů samotný ISPZS neslouží službě klientům, ale vlastně slouží zaměstnancům a lékařům nemocnice pro poskytování zdravotních služeb. Hlavním a mnohdy jediným uživatelem ISPZS je interní uživatel nemocnice, většinou odborný zdravotnický pracovník. Pacient přímo nepřistupuje do ISPZS, ale kupříkladu při předání výstupu z elektronické zdravotnické dokumentace ISPZS vygeneruje tento výstup a ten je pak předán pacientovi. Na druhou stranu, ISPZS využívá a u nemocnice také předává údaje do centrálních informačních systémů veřejné správy a to konkrétně třeba do Kmenového registru pacientů, Žurnálu činností a Výměnné sítě, tak činí vždy prostřednictvím služeb rozhraní IDRR. Je tedy možné aplikovat na ISPZS část definice ISVS o uskutečňování vazeb na další ISVS a na centrální systémy.
Jenomže Státní nemocnice sice je Orgán veřejné správy, ale nikoliv Orgán veřejné moci a nevykonává působnost jako OVM v agendě veřejné správy. Tedy její ISPZS rozhodně není agendovým informačním systémem ve smyslu zákona 111/2009 o základních registrech. Může se sice na něj hledět jako na takzvaný informační systém soukromoprávního uživatele údajů integrujícího se na IDRR, avšak mechanismy EG nepočítají s tím, že by ISSPUÚ byl ISVS, toto předpokládají povinně pouze u AISů. A protože nejde o agendové předávání a využívání údajů podle zákona 111/2009, ani tento definiční kotrmelec není zcela přímočarý a jasný. Navíc u ISPZS je pouze minimum jejich správců OVS a celý systém elektronického zdravotnictví s touto situací nijak nepočítá a nijak ji neupravuje.
To, zda svůj ISPZS státní nemocnice dobrovolně prohlásí za informační systém veřejné správy je tedy plně na ní. Je třeba si ale uvědomit, že prohlášení za ISVS s sebou přináší řadu pro nemocnici nesplnitelných povinností a proto je spíše doporučováno tak nečinit. Narozdíl od pacientského portálu pravděpodobně nikdy nikdo v budoucnu nebude vyžadovat od několika z tisíců poskytovatelů zdravotních služeb plnění povinností jako u ISVS u takových specifických systémů, jako jsou právě nemocniční systémy.