K informačnímu systému vede jeho správce provozní dokumentaci. Její závaznou minimální strukturu stanovujevyhláška o dlouhodobém řízení a to konkrétně v § 11 a § 12 12 a souvisejících.
Provozní dokumentaci každé etapy životního cyklu informačního systému tvoří sady dokumentací
plánování vytvoření a rozvoje informačního systému
zadání a smluv pro vytvoření a rozvoj informačního systému
stavu informačního systému při uvedení do produkčního provozu po jeho vytvoření nebo rozvoji
plánu a zajišťování provozu
změn informačního systému
hodnocení informačního systému, včetně hodnocení ekonomické výhodnosti
Provozní dokumentace obsahuje
Charakteristika informačního systému,
odkaz na záznam v rejstříku informačních systémů veřejné správy a soukromoprávních systémů pro využívání údajů, v němž jsou údaje o informačním systému vedeny
vlivy působící na informační systém a z nich plynoucí předpokládané změny a cíle informačního systému
přehled dekomponování informačního systému na komponenty
vyhodnocené bezpečnostní úrovně informačního systému a jeho jednotlivých komponent
přehled ukazatelů hodnocení ekonomické výhodnosti provozu a způsobu provozu informačního systému
popis architektury informačního systému
podrobný popis informačního systému
požadavky kladené na informační systém při jeho vytvoření nebo rozvoji
výčet komponent a sdílených prvků technologické a komunikační infrastruktury, které jsou nutné pro provoz informačního systému
popis programových rozhraní
popis připravovaných a realizovaných změn informačního systému
výčet komponent informačního systému, jejich vzájemných vazeb a vazeb na jiné informační systémy
přehled dostupných funkcí a poskytovaných služeb informačního systému
přehled evidovaných údajů a jejich strukturu
přehled zjištěných závad a provedených oprav informačního systému
plánovaná životnost informačního systému
bezpečnostní dokumentace