Vedení a udržování provozní dokumentace informačního systému je jednou z klíčových povinností Správce ISVS potažmo každého OVS. Za provozní dokumentaci společně zodpovídají Technický správce IS a Věcný správce IS. Její strukturu a související povinnosti stanovuje 360/2023 Sb. (vyhláška o dlouhodobém řízení), který v tomto provádí povinnost podle zákona 365/2000 Sb. (zákon o ISVS).