K informačnímu systému vede jeho správce provozní dokumentaci. Její závaznou minimální strukturu stanovujeVyhláška o dlouhodobém řízení a to konkrétně v § 11 a § 12 12 a souvisejících.

Provozní dokumentaci každé etapy životního cyklu informačního systému tvoří sady dokumentací

• plánování vytvoření a rozvoje informačního systému
• zadání a smluv pro vytvoření a rozvoj informačního systému
• stavu informačního systému při uvedení do produkčního provozu po jeho vytvoření nebo rozvoji
• plánu a zajišťování provozu
• změn informačního systému
• hodnocení informačního systému, včetně hodnocení ekonomické výhodnosti

Provozní dokumentace obsahuje

• Charakteristika informačního systému,
  • odkaz na záznam v rejstříku informačních systémů veřejné správy a soukromoprávních systémů pro využívání údajů, v němž jsou údaje o informačním systému vedeny
  • vlivy působící na informační systém a z nich plynoucí předpokládané změny a cíle informačního systému
  • přehled dekomponování informačního systému na komponenty
  • vyhodnocené bezpečnostní úrovně informačního systému a jeho jednotlivých komponent
  • přehled ukazatelů hodnocení ekonomické výhodnosti provozu a způsobu provozu informačního systému
• popis architektury informačního systému
  • popis architektury úřadu
  • popis architektury řešení
• podrobný popis informačního systému
  • požadavky kladené na informační systém při jeho vytvoření nebo rozvoji
  • výčet komponent a sdílených prvků technologické a komunikační infrastruktury, které jsou nutné pro provoz informačního systému
  • popis programových rozhraní
  • popis připravovaných a realizovaných změn informačního systému
  • výčet komponent informačního systému, jejich vzájemných vazeb a vazeb na jiné informační systémy
  • přehled dostupných funkcí a poskytovaných služeb informačního systému
  • přehled evidovaných údajů a jejich strukturu
  • přehled zjištěných závad a provedených oprav informačního systému
  • plánovaná životnost informačního systému
• bezpečnostní dokumentace

• postupy a procesy související s provozem informačního systému,
• protokoly související s provozem informačního systému a
• smluvní a licenční dokumentaci.